艾克斯-馬賽大學的歷史可追溯至1409年由普羅旺斯伯爵路易二世建立的艾克斯大學，后分別發展成為以文學、藝術和人文科學為主的普羅旺斯大學（艾克斯-馬賽第一大學），以技術醫學、理工為主的地中海大學（艾克斯-馬賽第二大學）和以經濟管理、法律為核心的保羅-塞尚大學（艾克斯-馬賽第三大學）。2012年1月1日，后三所大學再次合并，建立新的馬賽大學。

新成立的艾克斯-馬賽大學由132個研究機構組成，擁有71000名在校生，其中包含10000名國際留學生，7500名各類教職研究人員，以及12個博士研究所和4500名博士。正式成為繼斯特拉斯堡大學、波爾多大學、圖盧茲大學等“超級大學”的又一實現。三校合并后，共享各學校的教學資源，確保學校更大的知名度，使教學與管理更加和諧，提升國際競爭力。